ബന്ധുനിയമനത്തില്‍ ഇ.പി. ജയരാജന്‍ ഒന്നാം പ്രതി;എഫ്.ഐ.ആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തത് മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ അറിവോടെ
ബന്ധുനിയമനത്തില്‍ മുന്‍ മന്ത്രി ഇ.പി. ജയരാജന്‍ ഒന്നാം പ്രതി. ജയരാജനു പുറമെ പി.കെ. ശ്രീമതി എം.പിയുടെ മകന്‍ സുധീര്‍ നമ്പ്യാര്‍, വ്യവസായ വകുപ്പ് അഡീഷനല്‍ ചീഫ് സെക്രട്ടറി പോള്‍ ആന്‍റണി എന്നിവരെയും പ്രതികളാക്കി അന്വേഷണ സംഘം വിജിലന്‍സ് പ്രത്യേക കോടതിയില്‍ എഫ്.ഐ.ആര്‍ സമര്‍പ്പിച്ചു. ത്വരിതാന്വേഷണത്തിനൊടുവില്‍ വിജിലന്‍സ് ഡിവൈ.എസ്.പി വി. ശ്യാംകുമാറാണ് എഫ്.ഐ.ആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തത്.അഴിമതി നിരോധന നിയമത്തിലെ 13(1) (ഡി) ,13(2) എന്നിവക്കുപുറമെ ഗൂഢാലോചനക്കുറ്റവും ഇവര്‍ക്കെതിരെ ചുമത്തിയിട്ടുണ്ട്.
ഇ.പി. ജയരാജനെതിരെ എഫ്.ഐ.ആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തത് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്റെ അറിവോടെയെന്ന് സൂചന.സ്പെഷല്‍ ഇന്‍വെസ്റ്റിഗേഷന്‍ യൂനിറ്റ്-രണ്ട് എസ്.പിയുടെ മേല്‍നോട്ടത്തില്‍ നടന്ന പ്രാഥമിക അന്വേഷണ റിപ്പോർട്ടിന്റെ ഫയൽ പരിശോധിച്ച ജേക്കബ് തോമസ് എഫ്.ഐ.ആര്‍ ഇടേണ്ടിവരുമെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രിയെ ധരിപ്പിക്കുക ആയിരുന്നു.എന്നാല്‍, ധിറുതിപിടിച്ച നടപടി വേണ്ടെന്നായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ നിര്‍ദേശം. ഇതേതുടര്‍ന്ന് നടപടി താല്‍ക്കാലികമായി മരവിപ്പിച്ചു. സി.പി.എം കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി യോഗം നടക്കുന്ന സമയത്ത് എഫ്.ഐ.ആര്‍ തയാറാക്കിയതിന് പിന്നില്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഇടപെടലുണ്ടോയെന്ന് സംശയം ഉയരുന്നുണ്ട്. എന്നാല്‍, തങ്ങള്‍ സ്വാഭാവിക നടപടിക്രമങ്ങള്‍ പൂര്‍ത്തിയാക്കുക മാത്രമാണ് ചെയ്തതെന്ന് വിജിലന്‍സ് വൃത്തങ്ങള്‍ പറയുന്നു.
